Кладбище названо по местности, оно было создано в Даниловской слободе. Разразившаяся в 1771 году эпидемия чумы побудила властей создать специальные кладбища за чертой города, одним из которых стало Даниловское. Территория чумного кладбища была разделена на 2 части: для православных и иноверцев. Так и существуют по сей день оба кладбища: православное (центральное) и мусульманское.
В дореволюционные годы на Даниловском кладбище, которое примыкало к купеческому Замоскворечью, хоронили представителей купечества, мещанства, а также ремесленников.
Для отпевания усопших на кладбище работала часовня священномучеников Херсонесских, которая со временем обветшала, а на ее месте в 30-х годах XIX века был возведен новый каменный храм Святого Духа.
История Даниловского кладбища связана с одной из самых почитаемых православных святых — Матроной Московской. Она была погребена на территории кладбища в 1952 году. В те годы храм Святого Духа был одним из немногих, действовавших в городе, поэтому Матронушка выбрала именно это кладбище, чтобы “слышать службу”. Могила Матроны стала местом паломничества.
В 1998 году мощи Матроны были перенесены в Покровский монастырь, в 1999 матушка была канонизирована. На месте могилы Матроны на кладбище стоит небольшая часовня, туда по сей день приходят паломники.
Также люди приходят помолиться к могилам старца иеромонаха Исайи и афонского иеромонаха Аристоклия.
На Даниловском кладбище есть братская могила солдат, погибших в боях Великой Отечественной и умерших от ранений в госпиталях. Над братской могилой возведен мемориал.
